在名侦探柯南历年的剧场版中，新兰两人细腻的感情线感动了许多人，而说到剧场版中兰的首次正式告白就是在第八部剧场版《银翼的魔术师》中了，在这部剧场版的看点除了经典的告白那一幕之外还有人气很高的基德大人登场。
演员牧树里所拥有的珠宝“命运的，宝石”被锁定成为目标，预告函的署名是怪盗基德。但是，预告函为什么是送给工藤新一，时间的真相到底是什么，26个文字、滑道、怪盗基德，这一次谜题的关键会究竟是...
某天，毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委托。委托内容是牧树里收到怪盗基德预告信，信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指，“命运的宝石”。于是毛利小五郎接受保护宝石的工作，依据毛利小五郎的推理，基德将在演出的最后一天前来盗取这颗无价的宝石。
在演出的最后一天，毛利小五郎、小兰和柯南受邀观赏舞台剧，在剧场里错综复杂的人群中，基德到底会假扮成谁出现在大家面前，在紧张的埋伏等候中，出现在大家面前的竟然是工藤新一，柯南一方面必须保护宝石，另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一，因为拆穿基德就等于公开自己身体缩小的秘密。柯南只好盯紧这个假的工藤新一，一刻都不能松懈。
就在舞台剧即将落幕之前，柯南发现假的工藤新一不见了，随即追上，但却在一片混乱之中还是让基德逃脱了。不过，“命运的宝石”终究是保护住了，牧树里为了表示感谢，邀请毛利侦探前往北海道函馆的别墅度假，同行的还有一同演出的其他演员。就在大家都搭上飞机前往函馆的机舱里，一幕精心设计的杀人剧码就在大家面前实际上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中，又要解开发生在飞机上的密室杀人事件。
当案件被终结之时。飞机驾驶员突然因亲吻过被害人牧树里的手背导致中毒晕倒！飞机失控！此时，隐藏在人群中的怪盗基德站出来，请柯南一起驾驶飞机。基德对柯南说之所以他没偷「命运的宝石」，是因为他发现那颗宝石是假的。
后来，怪盗基德竟然当着柯南、兰和园子的面逃走了！柯南只能让兰和园子驾驶飞机，自己则用手机和变声器指挥兰。飞机的燃料所剩不多，简陋的降落场地也没有照明设施！此时兰竟然对新一抱怨起来，现在飞机上所有乘客的命运全部掌握在兰的手中她波动的情绪无疑给飞机的降落雪上加霜。
每一次有危险的时候新一总是不在自己身边，偶尔难得回来马上又不减了，总是丢下自己一个人，而最后兰说到“我喜欢你啊，新一”
这时驾驶飞机的小兰看到了灯光，原来是基德引来的警车帮柯南铺成了一条跑道，这是新一告诉兰准备降落，而燃料已经快没有了，必须一次成功。最后飞机安全降落，并停下...而危险过去后，兰却以为刚刚在飞机上打电话来的不是新一而是基德，虽然柯南没有暴露身份但这样那句对新一的告白兰也当做是说给基德了...
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